- a -

• ALPHA_NUM : StochHMM
• AVERAGE_SCORE : StochHMM

- c -

• cGlobal : StochHMM
• cGlocal : StochHMM
• cLocal : StochHMM
• COUNTS : StochHMM

- d -

• DEFINED_SCORE : StochHMM
• DIAGONAL : StochHMM
• DIFF_STATE : StochHMM
• DURATION : StochHMM

- e -

• EXTERNAL : StochHMM

- f -

• FASTA : StochHMM
• FASTQ : StochHMM
• FORWARD : StochHMM
• FULL : StochHMM

- g -

• GENERAL : StochHMM

- h -

• HIGHEST_SCORE : StochHMM

- l -

• LEFT : StochHMM
• LEXICAL : StochHMM
• LOG_ODDS : StochHMM
• LOG_PROB : StochHMM
• LOWEST_SCORE : StochHMM

- m -

• MASK : StochHMM
• MULTI_TRACK : StochHMM

- n -

• NO_SCORE : StochHMM
• NONE : StochHMM
• NTH : StochHMM

- o -

• OPT_DOUBLE : StochHMM
• OPT_FLAG : StochHMM
• OPT_INT : StochHMM
• OPT_NONE : StochHMM
• OPT_STRING : StochHMM

- p -

• PERCENTAGE : StochHMM
• PERIODIC : StochHMM
• POSTERIOR : StochHMM
• PROBABILITY : StochHMM
• PWM : StochHMM

- r -

• REAL : StochHMM

- s -

• SIMPLE : StochHMM
• SINGLE_TRACK : StochHMM
• STANDARD : StochHMM
• START_INIT : StochHMM
• STATE_GFF : StochHMM
• STATE_LABEL : StochHMM
• STATE_NAME : StochHMM
• STATEGFF : StochHMM
• STATELABEL : StochHMM
• STATENAME : StochHMM
• STOCH : StochHMM

- u -

• UNDEF_OPT : StochHMM
• UNDEFINED : StochHMM
• UP : StochHMM

- v -

• VITERBI : StochHMM